目前對肛瘺的分類尚不統一，但常用的分類方法有以下三種：

　　(一)隅越幸男分類法：(1979年)

　　(二)全國腸肛協作會議制訂的分類法

　　國內普遍采用的按1975年全國肛腸協作會議制訂的肛瘺診斷標準分類。

　　1.按病源分

　　化膿性肛瘺和結核性肛瘺。

　　2.按病變程度分

　　①單純性肛瘺

　　a.低位單純性肛瘺：僅有一個瘺管，一個內口和一個外口之完全瘺。內口在齒線處，管道通過外括約肌淺部或淺部以下。

　　b.高位單純性肛瘺：僅有一個瘺管，內口在齒線或齒線以上，管道行徑在外括約肌深層以上，或穿行于直腸粘膜下，而不穿過肌肉者(包括內盲瘺及全內瘺)。

　�、趶碗s性肛瘺

　　a.低位復雜性肛瘺：內口在齒線處，管道在外括約肌深層以下，并有支管和空腔，外口和管道兩個或兩個以上(包括多發(fā)性瘺和無高位內口的高位空腔，根據病變范圍占肛門周圍面積大小又可分為三度，Ⅰ度<1/4，Ⅱ度>1/4～1/2，Ⅲ度>1/2。

　　b.高位復雜性肛瘺：有兩個以上管道或支管和空腔，其主管道通過外括約肌深層以上或穿過直腸環(huán)，有一個或兩個以上內口，內口在直腸環(huán)以上者。根據病變侵犯肛門直腸范圍大小，亦和低位復雜性肛瘺一樣，可再分為三度。

　�、垴R蹄形肛瘺

　　瘺管環(huán)行，外口在肛門部兩側，內口多在截石位6點或12點處。又有前位、后位、前后位馬蹄形肛瘺之分。

　　a.前位馬蹄形肛瘺：瘺管環(huán)行，外口在肛門前方兩側擴散到會陰及陰道瘺，外口若在肛緣2.5cm以內，內口就在對側。若在2.5cm以上者，內口可能在后側。

　　b.后位馬蹄形肛瘺：瘺管環(huán)行，管道向肛門后兩側擴散，距肛緣較遠較深，有多數外口，多數瘺管管腔相互貫通，內口大多在肛門后側。

　　c.前后位馬蹄形肛瘺：瘺管環(huán)行圍繞肛管，外口肛周一圈都有，少則幾個，多則幾十個，大面積被侵犯，管道行徑復雜。

　　(三)史兆歧教授分類法

　　根據瘺管與肛門直腸周圍間隙的關系，以及病理變化和治療上的方便分以下類型：

　�、倨は禄蛘衬は赂丿�

　　a.皮下瘺，是指原發(fā)內口在肛竇，瘺管在肛門管皮膚下或肛門周圍皮膚下的淺在性肛瘺，外口距肛門很近。

　　b.粘膜下瘺，系指原發(fā)口在肛竇，瘺管在肛門管直腸粘膜下，皮膚外沒有開口。

　�、趦韧饫�約肌間肛瘺

　　a.低位肌間瘺管：指內口在肛竇，瘺管穿至內外肛門括約肌間隙，穿過外肛門括約肌皮下部的肛瘺。而瘺管走向直，只有一個外口的，稱作單純性低位肌間瘺。而走向彎曲，有支管的稱為復雜性低位肌間瘺。

　　b.高位肌間瘺管：指內口在肛竇，瘺管至內外括約肌間向上發(fā)展的肛瘺。

　�、鄹靥峒∠赂丿�

　　a.低位肌外瘺管：指內口在肛竇，瘺管穿過肛門外括約肌淺部的肛瘺。向一側坐骨間隙發(fā)展的稱為單純性低位肌外瘺。向兩側坐骨直腸間隙發(fā)展，形成像馬蹄鐵形狀，肛門兩側都有外口的稱為復雜性低位肌外瘺，又叫低位蹄鐵形肛瘺。

　　b.高位肌外瘺管：指內口在肛竇，瘺管穿過肛門外括約肌深部的肛瘺。向一側坐骨直腸間隙發(fā)展的稱為單純性高位肌外瘺，向二側坐骨直腸間隙發(fā)展的稱為復雜性高位肌外瘺，又叫高位蹄鐵形肛瘺。

　　④肛提肌上肛瘺

　　指內口在肛竇或齒狀線上方肛管直腸壁上，瘺管由肌間隙進入骨盆直腸間隙，穿過肛提肌的高位肛瘺。