先天性生殖器官發(fā)育畸形和/或功能障礙，常防礙性功能，影響生育力；雖發(fā)生率不高，但也是男性不育的重要原因之一。
 
    1、陰莖先天性異常

    有陰莖發(fā)育不全、隱匿陰莖、小陰莖（長度小于5cm）及異位陰莖（如陰囊后陰莖）等，影響陰莖不能勃起性交或精子過少而無受孕的可能。

    2、尿道畸形

    如尿道上裂和尿道下裂，常影響性交或精子未能射入陰道內(nèi)，其他如先天性尿道憩室及狹窄等，可有程度不等的射精障礙。

    3、睪丸發(fā)育和位置異常

    有無睪、睪丸發(fā)育不全、隱睪、睪丸融合、多睪、睪丸附睪分離等，干擾或破壞睪丸的正常生理功能，造成精子生成障礙，影響性功能和生殖能力。

    4、其他

    先天性附睪、輸精管發(fā)育不全或缺如、輸精管道梗阻、精囊發(fā)育不全或缺如、前列腺發(fā)育不全與憩室等均造成附屬性腺功能障礙而致使不育。