目前多按肛管與括約肌的關系將肛瘺分為4類。

    1.括約肌間肛瘺 多為低位肛瘺，常見，約占70%，為肛管周圍膿腫的后果。瘺管只穿過內括約肌，外口常只有一個，距肛緣較近，約3～5cm。少數瘺管向上，在直腸環(huán)肌和縱肌之間形成盲端或穿入直腸形成高位括約肌間瘺。

    2.經括約肌肛瘺 可以為低位或高位肛瘺，約占25%，為坐骨直腸窩膿腫的后果。瘺管穿過內括約肌、外括約肌淺部和深部之間，外口常有數個，并有支管互相溝通。外口距肛緣較近，約5cm左右，少數瘺管向上穿過肛提肌到直腸旁結締組織內，形成骨盆直腸瘺。

    3.括約肌上肛瘺 為高位肛瘺，少見，占5%。瘺管向上穿過肛提肌，然后向下至坐骨直腸窩穿透皮膚。由于瘺管常累及肛管直腸環(huán)，故治療較困難，常需分期手術。

    4.括約肌外肛瘺 少見，占1%，為骨盆直腸膿腫合并坐骨直腸窩膿腫的后果。瘺管穿過肛提肌直接與直腸相通。這種肛瘺常由于克隆病、腸癌或外傷所致，治療要注意其原發(fā)病灶。以上分類在高低位方面較細致，有利于手術方法的選擇。

    如肛管左右側均有外口，應考慮為“蹄鐵型”肛瘺。這是一種特殊型的貫通括約肌肛瘺，也是一種高位彎型肛瘺，瘺管圍繞肛管，由一側坐骨直腸窩通到對側，成為半環(huán)型，如蹄鐵狀故名。在齒線附近有一內口，而外口數目可多個，分散在肛門左右兩側，其中有許多支管，向周圍蔓延。蹄鐵型肛瘺又分為前蹄鐵型和后蹄鐵型兩種。后者多見，因肛管后部組織比前部疏松，感染容易蔓延。      肛瘺的外口與內口的部位有何規(guī)律性？Goodsall(1900)曾提出：在肛門中點劃一橫線，若肛瘺外口在此線前方，瘺管常呈直線走向肛管，且內口位于外口的相應位置；若外口在橫線后方，瘺管常呈彎型，且內口多在肛管后正中處，一般稱此為Goodsall規(guī)律。多數肛瘺符合以上規(guī)律，但也有例外，如前方高位蹄鐵型肛瘺可能是彎型，后方低位肛周膿腫可能是直型。臨床上觀察到，肛瘺的直與彎，除與肛管的前、后有關系外，與肛瘺的高位及低位，與外口距肛緣的遠近，都有一定關系。Cirocco(1992)曾對一組肛瘺病例進行回顧性分析，以檢驗Goodsall規(guī)律預測肛瘺走行的準確性，認為該規(guī)律對預測后方外口的肛瘺走行相當準確，特別是女病人，有97%內口位于后正中肛隱窩，但對前方外口的肛瘺預測不準，僅49%有放射狀瘺管符合該規(guī)律，因Goodsall未認識到前方肛瘺也有9%起源于前正中肛隱窩。

    直腸指診：在內口處有輕度壓痛，少數可捫到硬結。探針檢查，只在治療中應用，一般不能作為診斷用，防止穿破瘺管壁，造成假內口。X線造影，自外口注入30%～40%碘油，照相可見瘺管分布，多用于高位肛瘺及蹄鐵形肛瘺。

    影像學檢查：Yang(1993)對臨床疑有肛管直腸膿腫或瘺管17例，6例臨床上疑有膿腫，肛管超聲AUS檢查也有膿腫表現；另外82%(9/11)AUS查出有瘺管，而臨床常規(guī)檢查未能發(fā)現。Lunniss(1994)對比了AUS及磁共振成像檢查，認為前者對括約肌間瘺有時有確診價值，而無法確診括約肌外瘺及經括約肌瘺，而后者對復雜性高位肛瘺，蹄鐵型肛瘺及臨床難以確診的疑難病例有絕對的優(yōu)越性和準確率。